Музей Балтийского флота был основан в Балтийске в 1957 г., его залы открылись для посещения 23 февраля 1959 года. Три года спустя музей перевели в город Таллин в главную базу Краснознаменного Балтийского флота, где на протяжении последующих тридцати с лишним лет происходило его дальнейшее развитие. В 1992 году в ходе вывода сил флота из стран Балтии, командование Балтийского флота приняло решение о передислокации музея в г. Балтийск.

В настоящее время музей флота находится в здании, построенном в 1903 г., в котором до 1945 г. располагались судебные органы г. Пиллау. Фонды музея насчитывают более 20 000 экспонатов: фотографий, документов, наградных знаков, моделей кораблей, образцов вооружения, произведений изобразительного искусства, формы одежды.

Среди уникальных экспонатов: штурвал императорской яхты «Полярная звезда», кабинет вице-адмирала С.О. Макарова, корабельные модели, документы и вещи лучших флотоводцев Балтийского флота, абордажное и огнестрельное оружие, нагрудные знаки.