Кирилло-Белозерский музей-заповедник создан в 1924 году в стенах закрытого Кирилло-Белозерского монастыря в качестве филиала Череповецкого окружного губернского музея. В 1926 году он получил самостоятельность. С 1930 года музей перешел в ведение Кирилловского отдела народного образования. Музей занимает большую часть Кирилло-Белозерского монастыря, за исключением Малого Ивановского монастыря, переданного Русской православной церкви. В 1997 году Указом Президента Российской Федерации Кирилло-Белозерский музей-заповедник включен в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов РФ.
У музея два филиала — Музей фресок Дионисия в составе архитектурного ансамбля Ферапонтова монастыря в селе Ферапонтово и Музей-квартира В.И. Белова в городе Вологде.
Отдельными объектами музейного показа являются Цыпинский погост с церковью Илии Пророка (деревня Ципино, Ферапонтовское сельское поселение), здание Народного дома и Музей истории города и района в городе Кириллов, за пределами монастыря.