Музей городской скульптуры является преемником Музея-Некрополя, основанного в 1932 г. с целью сохранения уникального собрания мемориальной скульптуры XVIII – начала ХХ века.

14 июля 1939 г. по решению Президиума Ленсовета Ленинградский Музей-Некрополь реорганизован в Ленинградский Музей городской скульптуры.

В 1980 г. в Музее городской скульптуры появился новый отдел – «Нарвские Триумфальные ворота»: внутри уникального памятника была создана экспозиция, посвященная Отечественной войне 1812 г. и истории создания Триумфальных ворот.

В 2002 г. открылся Новый выставочный зал Музея городской скульптуры, ставший известным как площадка для проведения разнообразных выставочных проектов, кинопоказов и лекций.

В 2004 г. правительством Санкт-Петербурга Музею городской скульптуры была передана мастерская выдающегося скульптора М.К. Аникушина. После завершения масштабных ремонтных работ в 2015 г. в филиале музея открыта мемориальная экспозиция и площадка для выставочных проектов.