Плесский государственный историко-архитектурный и художественный музей-заповедник создан Решением Совета Министров Российской Федерации, открылся 22 октября 1982 года.
Музей-заповедник включен в Перечень историко-культурных объектов федерального (общероссийского) значения.
В 2010 г. город Плес включен в перечень исторических поселений федерального значения, в 2015 году утверждены его границы и предмет охраны.